On estime que des dizaines à centaines de milliers d’espèces de microalgues constituent le premier maillon des chaînes trophiques du milieu marin et côtier et fournissent la moitié de l’oxygène sur terre. Parmi elles, seulement 175 espèces sont toxiques ou nuisibles et produisent des substances affectant l’homme par voie directe ou via la consommation de fruits de mer ou poissons contaminés avec ces substances toxiques (ex. les genres Alexandrium, Dinophysis, Pseudo-nitzschia, Gambierdiscus), et/ou affectant les animaux marins (ex. les genres Karenia, Karlodinium, Prymnesium). Certaines microalgues peuvent également nuire à l’utilisation de la zone côtière par gêne physique, tel que les mousses de Phaeocystis sur les plages. La prolifération de ces microalgues est appelée efflorescence de microalgues.

Ces phénomènes constituent des problèmes majeurs de santé publique qui affectent les secteurs conchylicoles et halieutiques de manière indirecte (produits de la mer contaminés, impropres à la consommation), ou directe lorsque les microalgues toxiques ou nuisibles impactent directement les animaux marins.

Les activités aquacoles peuvent ainsi être fragilisées par des efflorescences de microalgues ichtyotoxiques, via des défauts de recrutement ou des mortalités de bivalves et de poissons. Des échouages massifs d’animaux morts sur les plages peuvent être observés lors d’efflorescences ichtyotoxiques importantes, comme en 1995 en France suite à des efflorescences de Karenia mikimotoi. L’eutrophisation et les bouleversements climatiques contribuent à augmenter localement la fréquence, la sévérité et la durée de ces proliférations. Il est donc primordial de déterminer les raisons du succès écologique des microalgues toxiques et nuisibles pour mieux prévenir, gérer et réduire les risques sanitaires, commerciaux et environnementaux, notamment dans un contexte de changements globaux.