GENomique des microALGues (GENALG)

Le laboratoire GENALG (GENomique des microALGues) vis à comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans le succès écologiques des microalgues toxiques et nuisibles.

Le laboratoire GENALG réunit des compétences en génomique fonctionnelle, génétique, génomique environnementale et biochimie. Ces compétences mises au service du projet de l’unité PHYTOX participent à la compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans le succès écologique des Microalgues Toxiques et Nuisibles. Notre mission consiste à 1- acquérir des données moléculaires sur des espèces de microalgues modèles et 2- de développer des méthodes et outils spécifiques afin de mettre en œuvre des approches intégratives pour leurs études en lien avec les laboratoires de l’unité PHYTOX. Plus spécifiquement, nos approches permettent d’étudier : (i) les mécanismes moléculaires d’acclimatation et d’adaptation aux changements environnementaux, (ii) les interactions biotiques au sein des communautés microbiennes et leurs impacts sur la biologie des microalgues, et (iii) les fonctions et régulations de gènes clés d’intérêt écologique ou biotechnologique.

GENALG dispose d’un plateau de biologie moléculaire, de microbiologie et de biochimie.

Le laboratoire est dirigé par Matthieu GARNIER, et est situé sur le Centre Ifremer Atlantique à Nantes.

Le personnel

- permanent

• BRIAND Enora, cadre de recherche (écologie microbienne)
• CARRIER Grégory, cadre de recherche (génétique)
• GARNIER Matthieu, responsable de laboratoire, cadre de recherche (microbiologie et génomique des microalgues)
• NICOLAU Elodie, cadre de recherche (biochimie des microalgues, expertise sur les pigments d'algues)
• ROBERT Elise, technicienne (biochimie et biologie moléculaire)
• SAINT-JEAN Bruno, cadre de recherche ( génomique fonctionnelle)
• SCHREIBER Nathalie, technicienne (microbiologie et biologie moléculaire)
• SUSSARELLU Rossana, cadre de recherche (génomique fonctionnelle).

- non permanent

• PATRON Lou, doctorant du 01/11/23 au 31/10/26. Sujet : Interactions biotiques au sein de l'holobionte de la microalgue Prymnesium parvum et implications sur les bioactivités
• TROUILLOT Lauryn, contrat de professionnalisation du 09/09/24 au 05/09/25, en Master 2 Bio-informatique à Nantes Université/ Sujet : étude de la transcription et des transcriptomes des Dynophycées
• PETRILLI Florian, stagiaire M2 du 06/01/25 au 27/06/25. Sujet  : Etude des interactions biotiques entre Prymnesium parvum et une communauté bactérienne synthétique en milieu limité en vitamine B12
• Anciens membres
  • PAGEAULT Laura, doctorante du 04/10/21 au 31/12/24. Sujet : Décryptage du Cycle de Vie de la microalgue haptophyte Tisochrysis lutea : vers l'obtention de lignées hybrides de microalgues
  • LEVILLAIN Fanny, étudiante à Sup’Biotech, en alternance du 06/09/21 au 02/09/2024. Sujet : Genome editing : Développement de protocoles d'édition de génome chez deux espèces de microalgues
  • REIGNIER Océane, doctorante du 05/10/20 au 29/03/24. Sujet : DEvenir et interaction entre MIcrocystiS et son microbiomE en miLieu estuarien (DEMISEL). [Accès au résumé et au rapport]
  • ESPI-BASTIEN Dorian, étudiant en Licence Professionnelle à l’Université de Nantes, en alternance du 12/09/22 au 01/09/23. Sujet : Optimisation des outils pour étudier l’activité allélopathique des microalgues envers d’autres microorganismes
  • RICHARD Antoine, en CDD du 05/09/22 au 31/05/23. Projet UNAMI.
  • PATRON Lou, étudiante à Sup’Biotech, en stage MASTER 2 du 06/02/23 au 28/07/23. Sujet : Etude de la structuration des communautés bactériennes associées à la microalgue Prymnesium parvumphotosynthétiques et photoprotecteurs chez une microalgue tropicale
  • PAJOT Anne, doctorante 2019-2022. Sujet : Influence de la lumière et de la biodisponibilité de l'azote et du phosphore sur la biosynthèse et l'extraction des métabolites. [Accès au résumé et au rapport]

Les équipements de biologie moléculaire Séquençage : séquenceur MinIon 3e génération Transgénèse : 1 canon biolistique & 1 électroporateur 2 systèmes PCR quantitatives (Agilent et Biorad)  & 2 thermocycleurs à gradient Bioanalyser (Agilent) et Nanodrop Fluorimètre Qubit Electrophorèse acides nucléiques : 3 systèmes mini gels Electrophorèse protéique : 4 SDS-PAGE & 1 système d'isoélectrofocalisation (Biorad) Western Blot : 1 systéme de transfert liquide & SDS-PAGE (Biorad) Imagerie : 2 Chemidoc (Biorad), MP et XRS+ et 1 scanner densitomètre (Biorad)

Le plateau de biologie moléculaire, de microbiologie et de biochimie situé à BATIMER, sur le site Ifremer de Nantes.

Supports technologiques

• Service bioinformatique Sebimer
• GIS Biogenouest
• Plateformes de séquençage et de protéomique.