GENomique des microALGues (GENALG)

Le laboratoire GENALG (GENomique des microALGues) vis à comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans le succès écologiques des microalgues toxiques et nuisibles.

Le laboratoire GENALG réunit des compétences en génomique fonctionnelle, génétique, génomique environnementale et biochimie. Ces compétences mises au service du projet de l’unité PHYTOX participent à la compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans le succès écologique des Microalgues Toxiques et Nuisibles. Notre mission consiste à 1- acquérir des données moléculaires sur des espèces de microalgues modèles et 2- de développer des méthodes et outils spécifiques afin de mettre en œuvre des approches intégratives pour leurs études en lien avec les laboratoires de l’unité PHYTOX. Plus spécifiquement, nos approches permettent d’étudier : (i) les mécanismes moléculaires d’acclimatation et d’adaptation aux changements environnementaux, (ii) les interactions biotiques au sein des communautés microbiennes et leurs impacts sur la biologie des microalgues, et (iii) les fonctions et régulations de gènes clés d’intérêt écologique ou biotechnologique.

GENALG dispose d’un plateau de biologie moléculaire, de microbiologie et de biochimie.

Le laboratoire est dirigé par Matthieu GARNIER, et est situé sur le Centre Ifremer Atlantique à Nantes.

Le personnel

- permanent

- non permanent

  • PAGEAULT Laura, doctorante du 04/10/21 au 03/10/24. Sujet : Décryptage du Cycle de Vie de la microalgue haptophyte Tisochrysis lutea : vers l'obtention de lignées hybrides de microalgues
  • REIGNIER Océane, doctorante du 05/10/20 au 29/09/23. Sujet : DEvenir et interaction entre MIcrocystiS et son microbiomE en miLieu estuarien (DEMISEL)
  • LEVILLAIN Fanny, étudiante à Sup’Biotech, en alternance du 06/09/21 au 02/09/2024. Sujet : Genome editing : Développement de protocoles d'édition de génome chez deux espèces de microalgues
  • Anciens membres
    • ESPI-BASTIEN Dorian, étudiant en Licence Professionnelle à l’Université de Nantes, en alternance du 12/09/22 au 01/09/23. Sujet : Optimisation des outils pour étudier l’activité allélopathique des microalgues envers d’autres microorganismesRICHARD Antoine, en CDD du 05/09/22 au 31/05/23. Projet UNAMI.
    • PATRON Lou, étudiante à Sup’Biotech, en stage MASTER 2 du 06/02/23 au 28/07/23. Sujet : Etude de la structuration des communautés bactériennes associées à la microalgue Prymnesium parvumphotosynthétiques et photoprotecteurs chez une microalgue tropicale
    • PAJOT Anne, Doctorante 2019-2022. Sujet : Influence de la lumière et de la biodisponibilité de l'azote et du phosphore sur la biosynthèse et l'extraction des métabolites

Les équipements de biologie moléculaire

  • Séquençage : séquenceur MinIon 3e génération
  • Transgénèse : 1 canon biolistique & 1 électroporateur
  • 2 systèmes PCR quantitatives (Agilent et Biorad)  & 2 thermocycleurs à gradient
  • Bioanalyser (Agilent) et Nanodrop
  • Fluorimètre Qubit
  • Electrophorèse acides nucléiques : 3 systèmes mini gels
  • Electrophorèse protéique : 4 SDS-PAGE & 1 système d'isoélectrofocalisation (Biorad)
  • Western Blot : 1 systéme de transfert liquide & SDS-PAGE (Biorad)
  • Imagerie : 2 Chemidoc (Biorad), MP et XRS+ et 1 scanner densitomètre (Biorad)

Le plateau de biologie moléculaire, de microbiologie et de biochimie

situé à BATIMER, sur le site Ifremer de Nantes.

Supports technologiques

  • Service bioinformatique Sebimer
  • GIS Biogenouest
  • Plateformes de séquençage et de protéomique.